Atibaia reúne diversos aspectos naturais que a tornam um belo e agradável local para se viver. As serras abrangem 8% do território e o ponto culminante de Atibaia fica na Serra do Itapetinga: trata-se do Pico da Pedra Grande com 1.450m de altitude. No local, encontra-se uma espécie de flora considerada uma excepcionalidade, sendo estudada por especialistas renomados de várias partes do Brasil. O nome é flora xérica e a probabilidade de que floresça e perpetue-se em solos rochosos é mínima, possível de ser encontrada em poucos lugares do mundo.

A localização da cidade, encravada em um conjunto de serras, facilita a circulação dos ventos dominantes, tornando o ar sempre limpo. O clima é do tipo temperado seco, com temperatura média anual de 19º C e umidade do ar de 80%, e a vegetação predominante no município é composta pela Mata Atlântica.

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A cidade é drenada pelo Rio Atibaia, que é dividido em sub-bacias: Ribeirões Laranja Azeda, Itapetinga, do Onofre, Folha Larga, Caetetuba, da Cachoeira e das Amaraes, o Córrego do Lajeado e o Rio das Pedras.

Atibaia possui algumas Unidades de Conservação Ambiental, criadas por Lei Estadual e conhecidas como Áreas de Proteção Ambiental do Sistema Cantareira e do Bairro da Usina, além de outras áreas protegidas como o Tombamento da Serra do Itapetinga, o Parque Municipal da Grota Funda e mais recentemente a APA Municipal das Várzeas do Rio Atibaia. E em 30 de março de 2010, o Governo do Estado de São Paulo, pelo Decreto Estadual n° 55.662, criou o Parque Estadual de Itapetinga e o Monumento Natural Estadual da Pedra Grande, que abrangem o município de Atibaia.

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Além disso, Atibaia é classificada como uma estância hidromineral pelo Estado de São Paulo por cumprir determinados pré-requisitos definidos por uma Lei Estadual. Esse título garante um aumento no repasse de verbas estaduais ao município para a promoção do turismo existente no local. Atibaia foi transformada em estância hidromineral pela Lei n° 5091, de 8 de maio de 1986.

Fonte de dados: Prefeitura de Atibaia e Governo Estadual de São Paulo.